În cadrul Colegiului Naţional „Emil Racoviţă”, Consiliul Elevilor s-a constituit în anul 2001, în cadrul Proiectului „Educaţia 2000+”. Prima misiune a Consiliului Elevilor a fost aceea de a propune discipline cu caracter opţional şi de a stabili sloganul, misiunea şi viziunea şcolii. Primele activităţi ale acestei structuri au fost cele privitoare la implicarea activă a elevilor în parteneriate ale şcolii cu instituţii educative din Suedia, Italia sau Franţa. În prezent Consiliul Elevilor funcţionează potrivit OM 4247/31.06.2010 şi conform Regulamentului de ordine interioară al Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” Iaşi.